Ambientata ai giorni nostri, la storia parla di Miharu Rokujou, uno studente che desidera soltanto vivere una normale vita ed ereditare il ristorante di Okonomiyaki di sua nonna. All'inizio il suo più grande problema è la costante e pressante richiesta del compagno Kouichi Aizawa e del professore Durandal Tohbari Kumohira di entrare come membro del club di Nindō (lett. "Via del Ninja"). Miharu non vuole avere nulla a che fare coi presunti "ninja" ed evita i due ogni volta. Ben presto però viene attaccato da un gruppo di veri ninja, in sua protezione intervengono Kouichi e Kumohira, a loro volta veri shinobi. In questa situazione Miharu apprende dell'esistenza del mondo nascosto dei ninja, Nabari, e il ruolo del suo compagno di scuola e del suo professore in quel mondo, e dell'Arte segreta che è dentro il suo corpo, lo Shinrabanshō. Quest'arte, che consiste nella conoscenza di tutte le cose del mondo, è la più ambita nel mondo di Nabari. Sarà questo motivo a non permettere a Miharu di ritornare alla sua vita normale e costringerlo a trovare un ruolo nel mondo di Nabari per sopravvivere.










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1) Qualcosa si risveglia
2) Arriva Raimei
3) L'assalto
4) l'annuncio di una missione
5) Desideri
6) La scelta
7) La decisione del cuore
8) Il pensiero che si trasmette
9) Preludio
10) Polka Raimeieraiko
11) Chiamata alla ribalta
12) Volontà
13) Una scuola che non dorme
14) Notte fonda
15) Separazione al mattino
16) Visitatori venuti da lontano
17) Il momento del crollo - megavideo
18) La voce che chiama
19) Il profilo dello Shinigami
20) A Togakushi
21) Ambizione
22) Chaos
23) Attivazione
24) Engetsurin
25) I due
26) Intrecciando i cuori