Pur partendo da una base comune, la trama della prima serie dell'anime (2003), col proseguire della serie, si allontana molto da quella del manga. La seconda serie animata (2009) è pensata per seguire più fedelmente il manga ed, eccezion fatta per il primo episodio, presenta solo differenze marginali rispetto alla versione cartacea.
Fullmetal Alchemist è un manga fantasy ambientato agli inizi del 20º secolo in un paese chiamato Amestris. In questo mondo immaginario l'alchimia è la scienza che permette di trasmutare una materia in una differente (secondo la legge dello scambio equivalente) attraverso l'uso di un cerchio alchemico. I migliori alchimisti hanno la possibilità di partecipare ad un esame per poi entrare nell'esercito, sotto il titolo di alchimisti di Stato.
Edward e Alphonse Elric erano dei bambini che vivevano in un villaggio di campagna chiamato Resembool. Il padre dei ragazzi Hohenheim (Hohenheim della Luce nell'anime e Van Hohenheim nel manga), un alchimista straordinario, se ne era andato di casa quando Edward era ancora molto piccolo e Alphonse era praticamente un neonato. Anni dopo, la madre dei ragazzi, Trisha Elric, morì a causa di una grave malattia. Dopo la sua morte, Edward e Alphonse vissero insieme a Winry e sua nonna fino a quando non trovarono un'insegnante di alchimia.






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1 - Colui che sfidò il sole
2 - Il corpo di un peccatore
3 - Mamma
4 - Trasmutazione d'amore
5 - Automail a tutta forza!
6 - L'esame da alchimisti di stato
7 - La notte del pianto della chimera
8 - La pietra filosofale
9 - L'orologio del cane dell'esercito
10 - L'inafferrabile ladra Psiren
11 - La città dell'oro - prima parte
12 - La città dell'oro - seconda parte
13 - Fuoco contro Acciaio
14 - La mano destra della distruzione
15 - Il massacro di Ishibar
16 - Le cose perdute
17 - Una casa dove la famiglia ti aspetta
18 - Gli scritti di Marcoh
19 - Gli abissi della verità
20 - Le anime dei guardiani
21 - Bagliore rosso
22 - Uomini artificiali
23 - Cuore d'acciaio
24 - Falsi ricordi
25 - Cerimonia d'addio
26 - Le sue ragioni
27 - L'insegnante
28 - Uno è tutto, tutto è uno
29 - Un bambino innocente
30 - Assalto al Quartier Generale del Sud
31 - Il peccato
32 - Dante della Selva Oscura
33 - La cattura di Al
34 - La teoria di Greed
35 - Gli stolti si ritrovano
36 - Il peccatore che è in me
37 - L'alchimista di fuoco. Il sottotenente all'attacco. Il mistero del magazzino numero 13
38 - Nella corrente del fiume
39 - La guerra dell'est
40 - Cicatrici
41 - Santa Madre
42 - Senza sapere il suo nome
43 - Il cane randagio è fuggito
44 - Hohenheim della luce
45 - Ciò che fa marcire il cuore
46 - Trasmutazione umana
47 - Il sigillo dell'Homunculus
48 - Addio
49 - Oltre la porta
50 - Morte
51 - Monaco di Baviera 1921